बालरोग चिकित्सा विभाग जिपमेर महिला एवं बाल चिकित्सालय में स्थित है। इस विभाग में नैदानिक देखभाल सेवा प्राप्त करने के लिए आनेवाले स्वस्थ और बीमार बच्चों की स्पेक्ट्रम छात्रों को सीखने और इलाज करने का अद्वितीय अवसर प्रदान करता है। विभाग के शैक्षणिक कार्यक्रमों में समस्याओं का समाधान और अनुसंधान मुख्य पहलू हैं। प्रतिदिन बहिरंग रोगियों की उपस्थिति औसतन संख्या 250-300 है। विभाग विशेष रूप से बाल तंत्रिका विज्ञान, बाल मनोचिकित्सा, क्षय रोग और संक्रामक रोगों, बाल वृक्क विज्ञान, अस्थमा, हृदयरोगविज्ञान, जिनेट्इक परामर्श, हेमाटोलॉजी, गैस्ट्रोएन्टरोलॉजी, इन्डोक्रिनोलॉजी और एच.आई.वी. और पी.आई.सी.यू. अनुवर्ती जाँच में स्पेशिऐल्इटि क्लिनिक चलाता है। बाल चिकित्सा आई.सी.यू. में 19 शय्या और 13 वेंटिलेटर हैं। विभाग स्नातकपूर्व (एम.बी.बी.एस.) और स्नातकोत्तर (एम.डी.) छात्रों के लिए नियमित शिक्षण कार्यक्रम आयोजित करता है और साथ ही बाल चिकित्सा में पीएच.डी. कार्यक्रम चलाता है। विभाग प्रतिवर्ष 2 छात्रों के प्रवेश के साथ बाल चिकित्सा क्रिटिकल केयर और आपातकालीन में डी.एम. कार्यक्रम भी चलाता है। स्थानीय और राष्ट्रीय स्तर पर अत्यावश्यक स्वास्थ्य संबंधी समस्याओं पर अनुसंधान करना विभाग की प्राथमिकता रही है। विभाग उत्कृष्ट रोगी देखभाल, शिक्षण और अनुसंधान के माध्यम से बच्चों के स्वास्थ्य संबंधी देखभाल में सुधार करने के लिए प्रतिबद्ध है। हमारे रेजिडेन्टों और संकायों द्वारा किए गए शोधकार्यों की पोस्टर/मौखिक प्रस्तुतीकरण नियमित रूप से कई स्नाथीय/राष्ट्रीय सम्मेलनों में प्रस्तुत किए जाते हैं। विभाग ने पिछले 5 वर्षों में राष्ट्रीय और अंतर्राष्ट्रीय इन्डेक्स्ड पत्रिकाओं में 150 से अधिक वैज्ञानिक शोधपत्र प्रकाशित किया है।