वर्ष 1986 में तंत्रिका विज्ञान विभाग का आरंभ हुआ और वर्ष 2009 से इसे स्यूपर स्पेशिएलिटी ब्लॉक के वर्तमान परिसर में लाया गया। विभाग की स्थापना के समय से लेकर 2016 तक डॉ. सुनिल के. नारायण विभागाध्यक्ष थे और उसके बाद 2019 तक डॉ. प्रदीप पंकजाक्शन नायर विभागाध्यक्ष थे। वर्तमान में विभाग का नेतृत्व डॉ. वैभव वाडवेकर कर रहे हैं। विभाग डी.एम. न्यूरोलॉजी, कॉम्प्रिहेन्सिव एपिलेप्सी केयर में पी.डी.एफ., स्ट्रोक मैन्इज्मन्ट बी.एससी. न्यूरोटेक्नोलॉजी, एम.एससी. न्यूरोटेक्नोलॉजी और पीएच.डी. पाठ्यक्रम संचालित करता है। साधारण न्यूरोलॉजी/डिजेनेरटिव डिज़ीज क्लिनिक्स के अलावा, विभाग सब-स्पेशिएलिटी (उप-विशिष्ट) क्लिनिक जैसे कि स्ट्रोक, एपिलेप्सी और न्युरोमस्कुलर क्लिनिकों का भी संचालन करता है ।

जिपमेर के इन क्लिनिकों में सबसे अधिक संख्या में रोगी आते हैं। विभाग में एक स्ट्रोक और 6 शय्या के साथ अक्यूट न्युरोलॉजी इन्टेन्शिव केयर यूनिट, 20 शय्या वाले जरनल वार्ड और 3 शय्या वाले विशेष वार्ड हैं। इसके अलावा, विभाग में पुनर्वास सुविधाओं सहित 4 शय्या सहित एक स्ट्रोक रिकवरी वार्ड और एपिलेप्सी मॉन्इटरिंग यूनिट है। तंत्रिकाविज्ञान विभाग स्टेंटिंग (अब तक 12 रोगियाँ) सहित थ्रॉम्बोलिसिस (अब तक 151 रोगियाँ) और कैरोटिड हस्तक्षेप कार्यक्रमों की पेशकश करते हुए अक्यूट स्ट्रोक देखभाल की तरह आगे बढ़ रहा है, और विभाग ने तंत्रिका शल्यचिकित्सा और रेडियोलॉजी विभाग के सहयोग से मिरगी शल्यचिकित्सा कार्यक्रम आरंभ किया है और अब तक 30 रोगियों को यह सुविधा प्रदान की गयी है। विभाग में अत्याधुनिक उपकरण जैसे सेरेब्रोबैस्क्यूल डॉप्लर, ई.ई.जी., वीडियो-ई.ई.जी., पोलिसोम्नोग्रॉफी, ई.एन.एम.जी.-ई.पी., टिल्ट-टेबल/स्वायत तंत्रिका तंत्र प्रयोगशाला, कंप्यूटराइज्ड कॉग्निटिव बैटरी, बिनॉक्यूलअ विड्इओ न्यास्टमोग्रॉफी सिस्टम (वी.एन.जी.), और मूलभूत नैदानिक तंत्रिका-जैविकी (न्यूरोबॉयोलॉजी) प्रयोगशाला सुविधाएं जैसे कि माईक्रोस्कोप, सेन्ट्रिफ्यूज. डीप फ्रीज़र, ई.एल.आई.एस.ए. रीडर, इम्यूनोब्लॉट, ऑटोक्लेव, लमिनार एयर फ्लो (बॉयो सेफ्टी कैबिनट), नैनो स्पेक्ट्रोफॉटोमीटर जैसे रोगी देखभाल सेवाएं और अनुसंधान सुविधाएं उपलब्ध है। इसके अलावा, न्यूरोस्टिम्युलेशन उपकरण (टी.एम.एस. और टीडी.सी.एस.) और फंकशनल इलेक्ट्रिकल स्टिम्युलेशन सहित न्यूरोबॉयोनिक्स आदि सुविधाएं उपलब्ध है।

अन्य विशिष्ट न्यूरोरीअबिलिटेशन सेवाएं जैसे रोबॉटिक मोट्अमेड फिजियोथेरापि, मोट्अमेड ऑर्म रीअबिलिटेशन सिस्टम, टाइरोमेशन बेलन्स सिस्टम, एक्शन रिसर्च ऑर्म ट्राइनिन्ग, म्युज़िक थेरापि और मिरर थेरापि उपलब्ध हैं। हाल ही में न्यूरोनल एवं स्टेमसेल के साथ एक अत्याधुनिक क्लिनिकल न्यूरोबायोलॉजी प्रयोगशाला भी स्थापित की गई है जिसमें बॉयोसेफ्टी कैबिनेट, लेमिनर एयर फ्लो, सीओ2 इन्क्यूबेटर और फेज कॉन्ट्रास्ट माइक्रोस्कोप है और जो मिल्लिपोर वाटर प्युरीफिकेशन सिस्टम, कूलिंग सेन्ट्रिफ्यूज़, पी.सी.आर., जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस, जेल डॉक्यूमेन्टेशन सिस्टम, स्पेक्ट्रोफॉटोमीटर, वेस्टर्न ब्लॉट, एलिज़ा रीडर एण्ड डीप फ्रीजर, रेफ्रिजरेटर, माइक्रोवेव ओवन, वाटर बाथ्स, शेकर्स और मिक्सर, सेन्ट्रिफ्युगस, प्रिसिश्ज़न वेगिंग सिस्टम, ऑटोक्लेव, और एन इम्युनोब्लॉट के साथ बेसिक जिनेटिक्स एवं प्रोटीयोमिक्स प्रयोगशाला है जो उन्नत अनुसंधान के लिए एस.ई.आर.बी., डी.बी.टी. एवं जिपमेर द्वारा वित्त पोषित है। विभाग के पास आई.सी.यू. में एक पॉइंट-ऑफ-केयर आई.एन.आर. और एक ब्लड गैस एनलॉइज़र भी है।

विभाग विशिष्ट रूप से पोस्ट डॉक्टरल फेलोशिप एवं अनुसंधान अवसरों सहित एक विस्तृत शिक्षण पाठ्यक्रम और अनुसंधान कार्यक्रमों के माध्यम से तंत्रिका विज्ञान में समृद्ध नैदानिक ​​और बुनियादी विज्ञान का प्रशिक्षण प्रदान करता है, न्यूरोलॉजी विभाग के अधिन, देश में एक अद्वितीय मॉडल है, जिसका नेतृत्व राष्ट्रीय और अंतरराष्ट्रीय उतकृष्टा केंद्रों में प्रशिक्षित संकायों द्वारा किया जाता है।