शरीररचना विज्ञान विभाग जिपमेर शैक्षणिक केन्द्र की निचली मंजिल पर कार्यरत है और स्नातकपूर्व और स्नातकोत्तर पाठ्यक्रमों के अध्यापन – शिक्षण और अनुसंधान गतिविधियों में लगातार शामिल है। विभाग द्वारा प्रदान की जाने वाली रोगी देखभाल सेवाओं में कोशिकानुवंशिकी (साइटॉजेनेटिक) अध्ययन और ऐनटॉमिकल एम्बलमिंग शामिल है। माइक्रोस्कोपिक प्रयोगशाला में एक उज्ज्वल माइक्रोस्कोप, इन्वटिड माइक्रोस्कोप, फ्लॉरेसन्ट माइक्रोस्कोप और कॉनफ़ोकॉल माइक्रोस्कोर से सुसज्जित हैं। आणविक अनुवंशिक प्रयोगशाला (मॉल्इक्यूलर जेनेटिक्स लेब) में पॉलिमरेज़ चेन रिएक्शन (पी.सी.आर) और डी.एन.ए. डेम्इज अध्ययन करने की सुविधा है। डिजिटल हिस्टोलॉजी प्रयोगशाला में कैमरा अट्टैच्मेन्ट, प्रजेक्टर और मॉन्इटर के साथ माइक्रोस्पोक है।